IJ maladie limitées à 1 an (ALD non exonérante) : maintien de salaire, prévoyance, paie

En bref

Pour les arrêts de travail prescrits à compter du 15 octobre 2026, la Sécurité sociale verse les indemnités journalières (IJ) pendant 1 an au plus, et non plus 3, lorsque le salarié est atteint d’une affection de longue durée qui n’est pas prise en charge à 100 % (dite « ALD non exonérante »).

La durée reste de 3 ans pour les affections de longue durée prises en charge à 100 %. Elle reste aussi de 3 ans pour les personnes dont l’affection de longue durée non exonérante est déjà reconnue au 15 octobre 2026.

Le décret ne modifie que le Code de la sécurité sociale. Il ne touche ni au maintien de salaire prévu par le Code du travail, ni aux contrats de prévoyance. Aucun texte ne désigne donc celui qui prend le relais au bout d’1 an.

Le maintien de salaire légal ne sera pas ce relais : il dure au plus 180 jours sur 12 mois, et il suppose que le salarié soit pris en charge par la Sécurité sociale.

Ce qui se passe après 1 an dépend de 2 textes qui s’appliquent dans votre entreprise, votre convention collective et votre contrat de prévoyance, et de la façon dont votre paie suit les arrêts longs. Ce sont les 3 vérifications de cet article.

Un salarié en arrêt depuis plusieurs mois pouvait jusqu’ici compter sur 3 ans d’indemnités journalières. Pour une partie des arrêts longs, ce sera désormais 1 an. La première réaction que suscite cette mesure est de penser que la différence retombera sur l’employeur. Les textes ne disent pas cela, et c’est ce qui rend le sujet délicat : ils ne disent rien de la suite.

Ce que change le décret du 16 septembre 2026

Le décret n° 2026-866, publié au Journal officiel du 18 septembre 2026, réécrit l’article R. 323-1 du Code de la sécurité sociale. Il distingue désormais 2 situations parmi les affections de longue durée.

Lorsque l’affection ouvre droit à une prise en charge des soins à 100 % (une maladie inscrite sur la liste des affections de longue durée, ou une affection grave reconnue par le service du contrôle médical), la durée maximale de versement des IJ reste fixée à 3 ans.

Lorsque l’affection impose un arrêt long sans ouvrir droit à cette prise en charge à 100 %, la durée maximale passe à 1 an. Pour ouvrir une nouvelle période d’indemnisation d’1 an au titre de la même affection, le salarié doit avoir repris le travail pendant au moins 1 an.

Une précision pour les reprises à temps partiel pour motif thérapeutique : dans ce cas, la caisse peut maintenir les IJ au-delà de cette durée, dans la limite d’1 an supplémentaire (article R. 323-3 du même code).

Pour un arrêt qui ne relève pas d’une affection de longue durée, rien ne change : le plafond reste de 360 indemnités journalières par période de 3 ans.

Le même décret ajoute une sanction : un assuré qui cherche à obtenir un arrêt de travail non justifié par son état de santé peut être pénalisé par sa caisse. Cette disposition s’applique depuis le 19 septembre 2026.

Quels arrêts sont concernés, et à partir de quand

Le 15 octobre 2026 n’est pas la date à laquelle des indemnités s’arrêtent. C’est la date à partir de laquelle la nouvelle durée commence à s’appliquer, selon 3 cas que l’article 3 du décret distingue.

N°	Situation du salarié	Durée maximale des IJ
1	Arrêt prescrit à compter du 15 octobre 2026, pour une affection de longue durée non exonérante	1 an
2	Arrêt en cours au 15 octobre 2026, dont l’incapacité atteint 6 mois après cette date	1 an
3	Affection de longue durée non exonérante déjà reconnue au 15 octobre 2026	3 ans, jusqu’au terme de la période en cours

Le Code du travail numérique résume le 3e cas ainsi : les salariés déjà en arrêt depuis plus de 6 mois au 15 octobre 2026 restent soumis aux anciennes règles.

Le décret distingue selon la nature de l’affection, une information médicale que vous n’avez pas à connaître. Votre repère d’employeur est donc la durée de l’arrêt et sa date de début, pas son motif.

Ce que le décret ne change pas

Le texte modifie 5 articles du Code de la sécurité sociale et un décret propre aux clercs de notaire. Il ne modifie aucun article du Code du travail. C’est le point à retenir avant de chiffrer quoi que ce soit.

Le maintien de salaire légal reste ce qu’il était. L’article L. 1226-1 du Code du travail le réserve au salarié qui a 1 an d’ancienneté, et le subordonne notamment à sa prise en charge par la Sécurité sociale. Sa durée est de 30 jours à 90 % de la rémunération brute, puis 30 jours aux deux tiers. Ces 2 périodes augmentent de 10 jours par tranche entière de 5 ans d’ancienneté, sans que chacune dépasse 90 jours. L’ensemble s’apprécie sur 12 mois.

Autrement dit, le maintien légal dure au plus 180 jours. Il est terminé bien avant le 12e mois d’arrêt. La fin des IJ au bout d’1 an ne crée donc aucune obligation légale nouvelle pour l’employeur.

Ce qui change réellement pour l’employeur

Le changement porte sur le calendrier. Le moment où le salarié perd son revenu de remplacement arrive jusqu’à 2 ans plus tôt, et avec lui toutes les questions qui se posaient auparavant à l’approche des 3 ans.

La première est celle de l’invalidité. L’article L. 341-3 du Code de la sécurité sociale prévoit que l’état d’invalidité s’apprécie notamment à l’expiration de la période pendant laquelle l’assuré a perçu des indemnités journalières. Cette échéance se rapproche donc elle aussi.

La deuxième est celle des garanties complémentaires. Une convention collective peut prévoir un maintien de salaire plus long que le minimum légal, et un contrat de prévoyance verse en général un complément pendant l’arrêt. Si ces garanties sont rédigées « en complément des indemnités journalières de la Sécurité sociale », que deviennent-elles le jour où ces indemnités cessent ? La réponse est dans vos textes, pas dans le décret.

La troisième est celle de la personne. Un salarié en arrêt depuis 11 mois, qui apprend par un courrier de sa caisse que ses indemnités s’arrêtent, se tournera vers vous. Je recommande d’avoir la réponse avant qu’il ne pose la question.

Les 3 vérifications que je mènerais cet automne

1. Relire l’article « maladie » de votre convention collective et de vos accords. Notez la durée du maintien de salaire selon l’ancienneté, et surtout sa condition : le maintien est-il subordonné au versement des IJ, ou court-il pour une durée propre ? Si votre convention s’en tient à des durées proches du minimum légal, le décret ne change rien pour vous sur ce point. Si elle prévoit un maintien long, la rédaction de cette condition devient décisive.

2. Relire la notice de votre contrat de prévoyance, garantie « incapacité de travail ». Cherchez 3 informations : la garantie est-elle versée « tant que la Sécurité sociale verse des indemnités journalières », jusqu’à quelle durée maximale, et que prévoit le contrat lorsque les IJ cessent sans que le salarié soit reconnu invalide. Puis posez la question à votre assureur ou à votre courtier, par écrit : comment appliquera-t-il le décret n° 2026-866 aux arrêts qui débutent après le 15 octobre 2026 ? Sa réponse vaudra pour tous vos salariés, et elle ne coûte qu’un mail.

Relevez au passage les délais que le contrat vous impose pour déclarer un arrêt et transmettre les pièces. J’ai déjà vu des dossiers de prévoyance ouverts trop tard : ces arrêts sont rares dans une entreprise, personne n’a le réflexe, le délai du contrat est dépassé et le complément reste à la charge de l’employeur. Avec une indemnisation plus courte, ce retard coûtera plus vite.

3. Vérifier comment votre paie suit les arrêts longs. Dressez la liste des arrêts de plus de 3 mois, avec leur date de début, et séparez ceux qui ont déjà dépassé 6 mois au 15 octobre 2026 des autres. Pour les seconds, placez une alerte avant le 12e mois dans votre logiciel de paie ou de gestion des temps. Si vous pratiquez la subrogation, c’est-à-dire si vous percevez les IJ à la place du salarié, regardez qui rapproche chaque mois les indemnités attendues et les indemnités réellement reçues : une paie qui continue à déduire des IJ que la caisse ne verse plus produit un écart que personne ne voit avant plusieurs mois.

Ce 3e point rejoint ce que j’observe sur d’autres sujets de paie, par exemple les contrôles à exiger quand la paie est externalisée : l’erreur ne vient pas du calcul, elle vient d’un événement que personne n’était chargé de surveiller.

Garder le lien pendant l’arrêt

Un arrêt qui s’achemine vers la fin de l’indemnisation se prépare avec le salarié, pas à sa place. Le Code du travail vous en donne le moyen : le rendez-vous de liaison, possible dès que l’arrêt atteint 30 jours.

Ce rendez-vous associe le service de prévention et de santé au travail. Il sert à informer le salarié des actions de prévention de la désinsertion professionnelle, de l’examen de préreprise et des aménagements de poste possibles. Il est organisé à votre initiative ou à la sienne, et vous devez l’informer qu’il peut le demander. Son refus ne peut avoir aucune conséquence.

Avec une indemnisation ramenée à 1 an, ce rendez-vous change de portée. Proposé vers le 6e mois, il laisse le temps d’étudier une reprise aménagée avant que la question du revenu ne devienne urgente.

En trois questions

Tous les arrêts maladie sont-ils limités à 1 an à partir du 15 octobre 2026 ? Non. La limite d’1 an vise les affections de longue durée qui ne sont pas prises en charge à 100 %. Les affections de longue durée prises en charge à 100 % restent indemnisées jusqu’à 3 ans, et les arrêts hors affection de longue durée restent plafonnés à 360 indemnités journalières par période de 3 ans.

L’employeur doit-il compenser la fin des indemnités journalières ? Le décret ne crée aucune obligation de ce type. Le maintien de salaire légal dure au plus 180 jours sur 12 mois. Une obligation plus longue ne peut venir que de votre convention collective, d’un accord ou de votre contrat de prévoyance : c’est là qu’il faut lire.

Un salarié déjà en arrêt long est-il concerné ? Si son affection de longue durée non exonérante est déjà reconnue au 15 octobre 2026, il conserve la durée de 3 ans jusqu’à son terme. Si son arrêt est en cours et atteint 6 mois après cette date, la durée d’1 an s’applique.

Ce décret ne demande rien à l’employeur, et c’est pourquoi il passera inaperçu dans beaucoup d’entreprises. Ses effets arriveront plus tard, un salarié à la fois, le jour où une caisse cessera de verser. Ce jour-là, la différence se fera entre l’employeur qui découvre la clause de son contrat de prévoyance et celui qui l’a déjà lue.

Vérifié le 7 octobre 2026.

Sources :

Arrêts maladie longs : à partir du 15 octobre 2026, les indemnités journalières peuvent s’arrêter au bout d’1 an